Software projects in development by the GNC

D. Ignacio Pérez Hurtado de Mendoza

University of Seville, Spain



This seminar will be done in several parts, distributed along next weeks and presenting the different projects that is taking place inside the group. It can be considered as the continuation of the first part, but in different days.

Part I. Introduction to the Software projects.
By Manuel García-Quismondo Fernandez and Ignacio Pérez Hurtado de Mendoza
Abstract:
En esta charla se presentarán las líneas generales de los proyectos de software que se están llevando a cabo por parte del grupo de investigación en Computación Natural. El objetivo de estos proyectos es la simulación de máquinas celulares (sistemas P) con una doble finalidad científica: por una parte, utilizar hardware de última generación (basado en tecnología Nvidia) para probar la eficiencia computacional de dichas máquinas en la resolución de problemas NP-Completos (SAT); y, por otra parte, implementar aplicaciones amigables que sirvan como plataforma de experimentación virtual para investigadores en Biología y Ecología. Estas aplicaciones interactuarán con el usuario mediante interfaz gráfico y realizarán simulaciones de sistemas P que modelen los experimentos definidos, obteniendo la información necesaria como dato de salida, que se mostrará mediante tablas y/o gráficos. La simulación se realizará de manera transparente al usuario.

El dato de entrada para estos simuladores es la especificación de un sistema P y su multiconjunto de entrada. Hemos diseñado un lenguaje de programación (P-Lingua) para definir sistemas P de manera sencilla, de esta manera, la especificación del sistema queda desacoplada de su implementación. Este lenguaje fue presentado en el WMC08 para la variante de membranas activas y, actualmente, está siendo expandido para cubrir otras variantes, incluyendo una implementación del algoritmo de Gillespie. El entorno de desarrollo (IDE) actual de P-Lingua está basado en el editor Jedit, estamos desarrollando una segunda versión del IDE mediante un plugin para el conocido framework Eclipse, con el que se podrá editar, compilar y simular las especificaciones escritas.


Part II. Simulation of recognizer P systems using the last generation of NVIDIA graphic cards.
By Miguel Ángel Martínez del Amor and Ignacio Pérez Hurtado de Mendoza
Abstract:
Considering recognizer P systems with active membranes as a massively parallel machine, we want to design an efficient simulator using the new NVIDIA(r) parallel architecture (Graphic cards as G8, Tesla or Quadro models), which is the last generation of silicon architectures that reach lots of parallel computations (up to thousands of threads at the same time). On November 2008, we visited the Parallel Architecture Group of the University of Murcia (GACOP), where many researchers are working on increasing the performance of sequential algorithms using this kind of architecture. After two days of brainstorming we made a preliminary design of a simulator, which we are going to present in this talk.


Next parts:
Part III. Simulation of ecosystems
Part IV. Simulation of stochastic processes with P-lingua:
Part V. Editing Latex files under Eclipse and control of versions with Subversion

  • Date (part I): October 27th 2008, at 17h
  • Date (part II): December 1st 2008, at 17h
  • Date (part III): (DELAYED until January 2009) December 15th 2008, at 17h
  • Date (part IV): January 12th 2008 (Tentative)
  • Date (part V): Upcoming
  • Place: Seminar room of the Department (ETSII, Module H, First floor)
  • Language: English